接下来，凉太郎招回了野中达子和秋本町，骗她们说刚才四尾出现，杀死了石井右辉，然后让她们先回自己的住处，等一切平息后再出门。秋本町非常失落，她原本想要来与吉田凉太郎同生共死的，但是最终由于实力太弱，根本帮不上什么忙，反而成了拖累。
凉太郎带着宇智波翼到了自己的实验室中，将宇智波翼关进了人体实验品的囚室中，只是由于凉太郎用写轮眼为宇智波翼改换了容貌，顶替了一个已死去的幼年实验品的名字。现在医疗课以凉太郎为代课长，所以也就没有人过问了。而在基因课中，由于宇智波翼复制体的尸体被找到，所以大家都以为宇智波翼死于这场暴乱。凉太郎原本想把千手一族的孕妇也借机藏起来的，可是这孕妇居然因为提前生产被送到了别处分娩，以至于凉太郎错失了良机。
这次暴乱的后果很严重。首先石井右辉的尸体被找到，大家也都深信他是被四尾杀死的。但是星源还是带领亲信的护卫和僧侣清除了在实验区和禁区中与石井右辉有较深交集的武士。受此牵连的武士有百人之多，本着宁枉勿纵的原则，全部被关押到了人体实验品囚室中。因为在实验区和禁区中，大部分人都知道了石井右辉被杀的事，为了掩人耳目，只好将他们都抓起来。其实这些武士有些与石井右辉并不是很亲近，仅仅是有过短暂的交往；还有很多人根本不知石井右辉暴乱之事，莫名其妙就被关押起来了。这些武士杀了也很可惜，放了又很危险，后来星源一不做二不休，干脆真的把这些武士当作实验品去进行各种人体改造。
其次是由于军事区中的人并不知道发生在实验区和禁区的暴乱，所以星源也用不着灭口。但由于炎流岛许进不许出的原则，星源也不能将这些有一定危险武士驱离炎流岛。星源只能严密封锁石井右辉叛乱并伏诛的消息，对外围的军事区只说石井右辉有机密任务被派出公干。
再次是万花筒写轮眼被盗，星源震怒，但是追查下去却一无所获。有人潜入了星源的住处，杀死了看守地道出口的僧侣。护送万花筒写轮眼的慧智被杀，写轮眼失窃，这一切凉太郎都用白眼看到是森口慎一郎干的。但是凉太郎选择了沉默。因为一旦揭发森口慎一郎，万花筒写轮眼被找到，只会便宜了星源。何况，凉太郎无法解释自己是如何得知此事的。而且凉太郎只知道森口慎一郎拿走了万花筒写轮眼，但不知万花筒写轮眼被藏到了哪里。凉太郎选择了沉默是打算将来有机会，还有可能从森口慎一郎那里拿回万花筒写轮眼。
最后就是星源虽然转生到了慧仁身上，但是由于身体排斥性太大，所以身体非常虚弱，时常受到病痛的折磨。星源忍受不了这种虚弱痛苦的状态，下令炎流岛内每个人都要抽血，血样送到禁区中化验匹配以寻找更加合适的容器以待自己三年后转生。
此时在禁区，星源正痛苦地坐在床上，身体才用了不到三个月，漫长无尽的钝痛就已经折磨得他快要发了狂。他就仿佛一个癌症患者一样，每天都在忍受痛苦。为此，他不得不服用药物来止痛，只是这样做会加快这具身体的损坏，所以他必须有所节制，以免撑不过三年。
一堆沙土从地面上汇聚起来，很快就聚合成了一个人。此人拜服于地，送上了一份名单：“星源大人，这是炎流岛所有人血样配对的报告。其中与您身体匹配度达到85%以上的总共有两人。”
“哦？”星源大喜过望，能够进行灵魂匹配的人原本就是万中挑一，星源原想若能找到一个就知足了，想不到在这炎流岛上能与自己自匹配的人居然有两个，实在令星源意外。
星源接过名单一看，沉吟了一下：“原来是他们俩。先不要惊动他们，过一段时间再说。”
“哈依！”那个人影回答。
星源又问：“慧空救活了没有？”
那人影回答：“已经救活，不过身体受损严重，需要人工改造，现在已经用慧空的身体进行异形计划的试验，争取能顺利完成。”
星源点点头：“森口慎一郎果然是个人才，他的异形研究若是能够成功，我们还需要那些不可靠的武士干什么？到时候直接培养一大批异形战士，不但忠心，而且战斗力更加强悍。哈哈哈……”笑着笑着，星源的脸色也狰狞起来。
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