在曼努埃尔的私人情报网正式化为暗部后不久，狄奥多西亚的异端审判所也在他的监视下成立了。再加上已部分投入的“看守人”部队。从此以后，这三大机构部门将会是狄奥多西亚的治安、安全和宗教统一的重要支柱。
后世史家评价这一时期的这三部门时，总是吵得面红耳赤，甚至出现了数例学术研讨会的专家们把会议变成无限制格斗大赛的滑稽情况。反对者认为这三部门限制了当时狄奥多西亚罗马人的人身自由，威胁了其隐私与私人财产，还是后来帝国专制的迹象，也是长期盛行的秘密警察制度的前身；赞同者认为这种隐秘与间接的监察有利于控制在中世纪时期并不安分的商业城市，也加速了地方封建体系向中央集权制度的演化，而且也有人指出当时暗部实际上并没有法定意义上的执行权，更多是作为针对封建领主与富裕市民的达摩克里斯之剑而存在，而不是针对农民或城市贫民。
但大多数史学家都认为这是可以理解的行径，至少在15世纪，而不是苛责其始作俑者——当时狄奥多罗储君，后来的哥特王朝的开国皇帝曼努埃尔三世。有人提出，后来帝国长期的宽松艺术氛围，在其担任狄奥多西亚显贵的时期就有所迹象，因为当时狄奥多西亚流传的数则笑话，据说就是由其本人亲令，不得因此滥捕，不加过多约束，才得以留至后世的。以下为后世学者们整理的几则具有代表性的笑话，可以瞥见当时的风气。
1.尤日内狱内，三名囚犯正聚在一起，互相询问对方被抓进来的原因。一名囚犯说：“我诋毁了阿诺阁下。”，另一名囚犯说：“我赞美了阿诺阁下。”第三名囚犯说：“我就是阿诺。”
2.多名地方年轻贵族聚在一起谈论狄奥多西亚的事务，其中一名大声感慨：“储君殿下的侍卫长巴达尔斯就是个废物。“之后这人被暗部上报后被看守人正式批捕，判处罚款3k杜卡特兼发配刻赤地峡，罚款3k杜卡特是因为他用恶劣言论攻击狄奥多西亚高层，发配刻赤地峡是因为他泄露公国机密。
3.一名小贵族在出了行宫后大声抱怨，“那个部门真是烂透了。”结果一位暗部成员听到后，特地绕开了上报让看守人执行的程序，将他私自抓捕。小贵族辩解道：“我又没说是哪个部门？”暗部成员咆哮道：“我在狄奥多西亚活了那么多年了，哪个部门烂透了我会不知道吗？”
4.在狄奥多西亚的一次重要会议上，主持者开始谈及暗部事宜，随即让认为暗部行为合理合法的坐到左边，反之则坐到右边。只有一名少年一直坐在中间，一动也不动。主持者好奇地问道：“请问阁下，你认为暗部行为是否合理合法？”少年答道：“我认为暗部的种种行为从程序上而言自然是合法的，但执行过程中出现些不合理的也无可厚非。”主持者听罢慌忙说道：“殿下，请您快站到台上来。”
5.有要员质问储君殿下，暗部不可理喻的行为着实过多，其存在究竟是否必要。
对此，储君本人解答道：“暗部作为处置公国祸害的部门，其如同猫捉老鼠一般，是受圣父眷顾的天职。”
“可是曼纽尔，”这时殿下的未婚妻好奇地问道，“若是猫想磨磨爪子，那该怎么办？”
6.“若是暗部和异端审判所在曼古普先成立，那么效果肯定比先在狄奥多西亚更好。”
“你说得没错，但我们曼古普怎么你了？”
7.哈吉格莱与曼努埃尔-奥卢贝·加夫拉斯在黑海西海岸就各自治下臣民的听令程度争论起来。哈吉·格莱道：“本汗麾下的部族民，说东绝不向西。”言讫，他让身边一名鞑靼侍从跳入黑海，游数海里后再折返而回，那鞑靼人悲痛地哭道：“陛下，我还有我的家人。如果一定要我执行这一命令，请让他们，尤其是我父母可以安享晚年。”哈吉·格莱羞愧难当，赶忙拦下来他这名鞑靼侍从。
曼努埃尔见状，笑容和熙地让身旁侍立的一名领主执行与哈吉·格莱之前所下的相同命令。那领主领命完毕，就将毫不犹豫地跃入黑海。一旁的哈吉·格莱赶忙让手下拦住他，“你疯了，你的家人怎么办？”那领主急忙大吼道：“请不要拦着我，为了我的家人。”
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