【两年后，止水在天藏的照顾下，体内的寒阴水毒被抑制，正常行走已无大碍，爆发时间也被再往后推迟了四年。
漩涡大长老在一年前带着止水母亲离开了木叶，留下了一张去往蝴蝶谷的路线图。
沿着地图，团藏带着止水赶往水之国向阳山。
不料在见到了蝶谷医仙后惨遭拒绝，蝶谷医仙有个规矩，非明教中人不医。
想要让他出手，除非止水加入明教。
在漩涡周旋留下的亲笔信的周旋下，蝶谷医仙终于松口，答应止水留下自行学习医术医治自己。
团藏被轰出谷外，约定三年后来领人。
没几天，砂忍村的灼遁使者叶仓现身蝴蝶谷，牵扯出一段和明教的恩恩怨怨，灼烧蝴蝶谷，蒸杀蝶谷医仙。
临死前，为保多年的心血不被烧毁，蝶谷医仙将毕生心血所着的医书托付给止水，并留给止水一枚圣火令，告诉止水可以凭借圣火令获得明教的友谊，希望将来能够让明教中人为自己报仇。
叶仓不知圣火令的事情，在蝶谷医仙的挤兑下，放走了止水这个看起来像八九岁的小孩子。
蝴蝶谷被毁，团藏长老也已离开，无处可去的止水踏上了归途。
一边走，一边练习医术，倒是让止水在浪忍中了好名声，收获了不少流浪忍者和武士的友谊。
并因此结识了一个自称和忍者之神交手且全身而退的S级叛忍角都先生......】
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