《三体2：黑暗森林》足有近500页的篇幅，比第一部内容还要厚重很多，但章节更为简单，仅分为四部分：序章、上部《面壁者》、中部《咒语》、下部《黑暗森林》。
延续了第一部的多线叙事手法，第二部采用了更连贯的叙述方式，以一段或几段文字为单位，转换不同人物的视角进行故事的推进。
在第一部中，汪淼和叶文洁是核心人物，而第二部则聚焦于章北海和罗辑的视角。尽管如此，大史作为贯穿两部的重要配角，其出现的频率依旧很高。
对比《三体》，第二部黑暗森林背景更为庞大，
本作主要围绕蓝星为抵御三体文明的入侵而启动的“面壁计划”展开。
当面壁计划遭遇挫败，故事便跨越两个世纪，带所有读者进入一个截然不同的未来世界。
在这个未来，蓝星表面荒凉破败，经历了大混乱和气候剧变，沙漠几乎覆盖了整个星球。蓝星文明的中心已转移到地心深处，那里充满了高科技的奇观，人类居住在巨大的树木上，交通工具则是空中飞车。
在这个新人类社会中，普遍弥漫着乐观向上的气氛。人们坚信太空舰队无比强大，足以抵御三体文明的攻击，克服任何危机。
然而，那些来自两个世纪前的冬眠者却难以适应这个新时代的科技和理念。
本书的主角罗辑，是一名面壁者，也是唯一一位没有被破壁者攻破的面壁者。
罗辑之所以没有破壁者，原因不明，但他始终面临着三体文明的追杀，这表明三体文明认为罗辑洞悉了他们无法容忍的秘密，或是一种威胁。
那么，罗辑所掌握的力量究竟是什么呢？
这要追溯到叶文洁的建议，她曾鼓励罗辑研究宇宙社会学，并提出了两条宇宙公理：第一，生存是文明的第一需要；第二，文明不断增长和扩张，但宇宙中的物质总量保持不变。
起初，罗辑对这两条公理的理解并不深刻，直到他想象中的理想女性——庄颜。
罗辑原本是一个乐观的失败主义者，认为人类无法战胜三体，于是决定利用剩余的四个世纪尽情享受生活。
但他的愿望无法实现，联合国带走了庄颜和他们的孩子，而庄颜的出现实际上是一个精心策划的计谋，目的是让罗辑主动承担起面壁者的责任。
尽管罗辑对人类的命运漠不关心，但他对爱情却抱有坚定的信仰。
在冬眠之前，罗辑向宇宙发送了一则咒语，通过太阳作为媒介。
然而，两个世纪后当他醒来时，咒语并未如预期般生效，他自己也觉得当时的决定荒谬可笑。
于是，部署了205年的面壁计划被人类放弃了。
此时的蓝星，已经拥有了2008艘可以达到光速15%的恒星级战舰，数量是三体舰队的一倍之多。
这时，人类对最后的末日之战有着绝对的信心，有些人甚至傲慢地觉得，目前蓝星上的科技已经超越了三体。
三体人的舰队不堪一击。
这时，整本书最精彩，也是令人绝望的事件发生了。
当水滴在每个人的眼中显现时，周围的一切都显得异常平静。
它美得如同圣母的泪珠，即便是使用蓝星上最先进的显微镜去观察，水滴的外壳也显得完美无瑕，找不到任何一丝瑕疵。水滴表面的分子结构被一种强大的力量牢牢固定，连分子自身的微小震动也似乎被平息。
这表明，这枚水滴的硬度，远超过太阳系中最坚硬的物质，坚硬百倍。假设它贯穿地球，其过程将如同子弹穿过奶酪一般轻松。
很可惜，这绝美的水滴并非眼泪，而是来自太空的一支利箭，它以违反动量守恒定律和角动量守恒定律的锐角转向，毫不减速地撞向蓝星的战舰群。
在水滴穿过星际战舰的瞬间，爆发出了150亿度的超高温度，战舰在超高温的作用下，彻底溶解液化。
章北海耗尽两百年的时间，只为了保留一艘恒星级战舰，而水滴只用了一分零八秒，就贯穿了整齐排列的舰队。
战舰的爆炸声，如同鞭炮一般在太空中响起，慢慢地化作了丁仪的声音。
“孩子，快跑。”
人类引以为傲的庞大的舰队，在这小小的水滴面前，瞬间化为宇宙尘埃。
这就是末日之战！
在绝对的优势面前，只有秒杀。
然而，这枚水滴，仅仅只是三体世界发射的十个探测器之一，三体舰队还在其后。
它的目的，并不是为了消灭人类的舰队，而是为了封锁太阳的电波放大功能，阻止人类继续通过太阳向宇宙发送信号。
水滴的威力已如此惊人，更不用说三体舰队本身了。
地球文明再次陷入危机，人类的信心丧失，生活变得毫无生气，要么沉溺于及时行乐，要么随波逐流，要么陷入绝望。
然而，危机中出现了转机。
罗辑发出的咒语最终生效了，他向宇宙广播了一颗距离蓝星50光年的恒星地址，该星体最终被清理。
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