在树形使徒倒下后，大雄他们带着疲惫与沉思返回了 NERV 总部。这次战斗的冲击，让每个人的内心都久久不能平静。
在总部的走廊上，大雄碰到了碇司令。
碇司令看着他，眼神深邃地说：“大雄，这次的战斗很不寻常，你们面对的是一种全新形式的使徒。我们必须尽快搞清楚它背后的原理，这对我们未来的战略至关重要。”
大雄坚定地点点头：“司令，我知道了。我们会和科研人员一起努力的。”
科研室内，气氛紧张而忙碌。科研人员们正在对从战斗现场收集的数据和样本进行分析，大家围在各种仪器前，眉头紧锁。
一位科研人员着急地说：“这个树形使徒太奇怪了，它对灵魂能量的运用方式完全超出了我们的理解范围。”
哆啦 A 梦在一旁看着数据，说：“你们看，这些灵魂影像好像是被某种特殊的频率吸引并控制的，而这个频率似乎和使徒树干上的符文有密切关系。”
胖虎挠挠头，满脸疑惑地问：“那我们有没有办法阻止它这种控制灵魂的能力呢？这可太难搞了啊。”
科研人员摇摇头，无奈地说：“目前还不清楚，但我们在研究过程中发现了一些奇怪的波动，这些波动和我们之前在其他使徒研究中发现的一些隐藏信号有相似之处。”
静香好奇地睁大眼睛，问：“隐藏信号？是什么样的信号呢？感觉好神秘啊。”
科研人员调出一些数据，指着屏幕解释道：“这些隐藏信号一直存在于使徒的能量体系中，但我们之前一直无法解读。这次树形使徒的出现，让我们发现这些信号可能和使徒之间的某种深层次联系有关，也许是一种通信方式或者是控制指令，总之很复杂。”
就在大家讨论得热火朝天的时候，警报声再次打破了平静。众人急忙赶到指挥室，大屏幕上显示出城市上空出现了巨大的能量漩涡，漩涡中闪烁着奇异的光芒，仿佛有什么东西要从中降临。
碇司令面色凝重，大声命令道：“驾驶员们，准备出击！这次的情况可能更加复杂，从能量漩涡的特征来看，很可能是一个极其强大的使徒，而且它的出现方式与以往不同，大家要小心！”
大雄、哆啦 A 梦、胖虎和静香迅速进入各自的 EVA 机体，与其他驾驶员一同飞向能量漩涡。
当他们靠近能量漩涡时，一股强大的吸力扑面而来，试图将他们的 EVA 机体卷入其中。
哆啦 A 梦急忙通过通讯器提醒：“大家小心，这股吸力很强！”
胖虎边操控机体边喊道：“哼，别想把我吸进去！我可不会这么容易就被它搞定！”他操控着 EVA 机体加大动力，试图抵抗吸力。
就在这时，一个巨大的身影从能量漩涡中缓缓浮现。这是一个形似巨大水晶球的使徒，水晶球内部有无数的光线在流动，仿佛是一个复杂的能量网络。使徒周围环绕着一层透明的护盾，护盾上闪烁着神秘的符文，这些符文和之前树形使徒树干上的符文有些相似。
大雄惊讶地说：“又是和灵魂有关的使徒吗？这看起来比之前的还难对付啊！”
“不管它是什么，我们先攻击试试！”明日香说着，驾驶 EVA 机体朝着水晶球使徒发射了一道能量光束。然而，能量光束击中护盾后，仅仅泛起了一丝涟漪，就消失不见了。
真嗣惊讶地喊道：“它的护盾好强！这可怎么办？”
渚薰冷静地观察着，缓缓说：“我们得找到护盾的弱点，盲目攻击只是浪费能量，大家先别慌。”
哆啦 A 梦启动了探测器的深度扫描模式，一边操作一边说：“我正在努力找呢，大家稍等。”过了一会儿，他兴奋地说：“我发现了，护盾上的符文在能量流动到某些特定位置时会有短暂的能量减弱现象，那些位置可能就是弱点。”
大雄立刻回应：“那我们集中攻击那些弱点！”
于是，众人调整攻击角度，朝着哆啦 A 梦所指出的护盾弱点位置发动攻击。在众人的合力攻击下，护盾开始出现一些不稳定的波动。
水晶球使徒似乎察觉到了威胁，它从水晶球内部发射出一道道能量射线，射线朝着 EVA 机体射来。
静香惊恐地叫道：“大家小心！”
驾驶员们急忙操控机体躲避，能量射线击中了周围的云层，云层瞬间被撕裂，发出耀眼的光芒。
胖虎有些着急地喊道：“我们不能一直这样被动躲避，得想办法打破它的护盾！”
哆啦 A 梦思考了一下，说：“我有个主意，我们可以用能量共鸣的方式，尝试扰乱它护盾的能量频率。我的道具中有一个能量频率调整器，我们可以利用它来实现共鸣。”
大雄问：“真的行吗？那我们试试！”
哆啦 A 梦从四次元口袋里掏出能量频率调整器，边分发给大家边说：“大家按照我的指示操作，调整自己 EVA 机体的能量频率。”
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