董仲舒一直提心吊胆，小心谨慎，唯恐时间长了遭到不测，遂于四年后以年老有病为由，辞职回家。从此以后，也就结束了他的仕禄生涯。董仲舒晚年对什么事情都不过问，只是埋头读书、着作。
虽然他辞去了官职，但朝廷有大事，还常派人到他家向他请教，董仲舒都有很明确的看法。后来，张汤把询问董仲舒的部分材料，整理为《春秋决狱》一书。董仲舒虽然养病在家，但仍十分关心朝政大事，甚至在临终之前，还写奏章给汉武帝，坚决反对盐铁官营的政策。
汉武帝太初元年（前104年），董仲舒于家中病卒，葬于西汉京师长安西郊，有一次汉武帝经过他的墓地，为了表彰其对汉王朝的贡献，特下马致意。由此，董仲舒的墓地，又名为"下马陵"。
《汉书·卷二十四上·食货志第四上》：“仲舒死后，功费愈甚，天下虚耗，人复相食。”可以看出，董仲舒的去世，是汉朝的巨大损失。
董仲舒以《公羊春秋》为依据，将周代以来的宗教天道观和阴阳、五行学说结合起来，吸收法家、道家、阴阳家思想，建立了一个新的思想体系，成为汉代的官方统治哲学，对当时社会所提出的一系列哲学、政治、社会、历史问题，给予了较为系统的回答。
汉初实行黄老之学，无为而治。经济发展很快，出现了文景盛世。但在景帝时代出现了吴楚七国之乱。统一的国家将面临着分裂的危险。景帝时任博士的董仲舒认为，重要的问题是要巩固集中统一的政权，防止分裂割据的局面出现。董仲舒从儒学经传中寻找统一的理由，他从《公羊春秋》中找到了"大一统"。董仲舒就根据《公羊春秋》的记载，提出了"大一统"论。他在《天人三策》中说："《春秋》所主张的大一统，是天地的常理，适合古今任何时代的道理。"
“大一统"既然是宇宙间最一般的法则，那么封建王朝当然要遵循。这就是董仲舒所要设立的政治哲学的核心。他根据'大一统"的普遍法则，提出了思想也要"大一统"的论点。董仲舒在《天人三策》中说："只要不是在六艺之列的，（所谓“六艺”，就是过去读书人必备的六种才能，“礼”，“乐”，“射”，“御”，“书”，“数”。）和孔子那一套儒家思想的人，都不许其发展下去，不允许和儒家思想一起存在。那些乱七八糟的教派和学说就不会再来迷惑百姓，国家的法律和制度才能显示出地位。
老百姓也才知道用什么样的方式去教育子孙后代"。只有思想统一才能有统一的法度，百姓才有行为的准则，这样才能维护与巩固政治的统一。用思想统一来巩固政治统一，思想应该统一于以孔子为代表的儒家上，百姓也知道该遵循什么，怎么做了。只有政治统一才能长治久安，当时汉代的政治是统一了，但不稳固。统一思想成了大一统的关键。于是，董仲舒多次强调要用孔子儒学统一天下的思想。
在汉武帝采纳了董仲舒思想要大一统的建议之后，施行了"罢黜百家，独尊儒术"政策，将儒学作为正统思想，产生了中国特有的经学以及经学传统。汉代立五经博士，明经取士，形成经学思潮，董仲舒被视为"儒者宗"。
董仲舒"天人感应"论，是以社会、政治来说的。他把《春秋》中所记载的自然现象，都用来解释社会政治衰败的结症。他认为，人君为政应"法天"行"德政"，"为政而宜于民"；否则，”天”就会降下种种“灾异”以“谴告”人君。如果这时人君仍不知悔改，“天”就会使人君失去天下。
通过秦末农民大起义，董仲舒认识到农民阶级的政治力量可决定一个封建王朝的兴亡。董仲舒在这里所说的"天"，是指秦末农民起义的武装力量。他要借用这一象征农民阶级政治力量的"天"，来戒惧皇帝，使之自敛。用"天"来限制他。
当时董仲舒为什么要采用"天人感应"的形式来戒惧皇帝呢。原因是：西汉时期社会科学水平低，天命论在人们思想中的影响极深。董仲舒就采用了"天"来限制皇帝个人的私欲，制约他至高无上的权力。并把秦始皇权力不受制约，引发农民起义，速亡国的惨痛教训，变成皇帝的精神枷锁，来限制皇帝的权力。从这方面看，董仲舒"天人感应"的思想限制了皇帝的私欲和权力，为整个封建社会的长治久安作出了重要的贡献，其意义是深远的。
西汉王朝统治人民虽然奉行黄老的"无为而治"的思想，实质上仍因袭秦制，以严刑峻法统治人民。武帝好法术、刑名，重用酷吏，以严刑峻法来加强统治，给人民带来了极大的灾难和痛苦。为了社会秩序的稳定，为了封建统治的长治久安，董仲舒认为要缩小贫富差别，协调各种社会矛盾，提出"调均"的主张。上疏汉武帝"限制私人占有土地的数额的主张，限制豪强兼并土地，不允许官吏与百姓争抢利益，盐业、金属业都有百姓自己掌控，除去奴婢制度、擅自斩杀的威严，降低赋税，减少徭役，让人民休养生息，减少民力消耗"。
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