公元58年（永平元年），邓禹去世，享年五十七岁。谥曰元侯。
总评
《后汉书》中，邓禹与寇恂同列一传，并评价道：
论曰：“夫变通之世，君臣相择，斯最作事谋始之几也。邓公嬴粮徒步，触纷乱而赴光武，可谓识所从会矣。于是中分麾下之军，以临山西之隙，至使关河响动，怀赴如归。功虽不遂，而道亦弘矣！及其威损栒邑，兵散宜阳，褫龙章于终朝，就侯服以卒岁，荣悴交而下无二色，进退用而上无猜情，使君臣之美，后世莫窥其闲，不亦君子之致为乎！”
赞曰：“元侯渊谟，乃作司徒。明启帝略，肇定秦都。勋成智隐，静其如愚。”
历代评价
刘秀：“深执忠孝，与朕谋谟帷幄，决胜千里。……斩将破军，平定山西，功效尤着。”
司马炎：“昔邓禹挠于关中，而终辅汉室，岂以一眚而掩大德哉！”
葛洪：“邓禹马援田间诸生，而善於用兵；萧何曹参不涉经诰，而优於宰辅，尔则知人果未易也。”
伏滔：邓禹卓茂无敌于天下，管幼安不胜庞公，庞士元不推华子鱼，何邓二尚书独步于魏朝，乐令无对于晋世。
萧绎：邓禹文学，尚或执戈；葛洪书生，且云破贼。
姚思廉：昔邓禹基于文学，杜预出自儒雅，卒致军功，名着前代。
李世民：汉光武得邓禹，门人益亲。今我有玄龄，犹禹也。
虞世南：汉祖之臣，三杰是也；光武之佐，二十八将是也。岂得以邓禹、吴汉匹於张良、韩信者乎？
张仲宣：汉有二十八将者，上应二十八宿也，或以文雅光国，邓禹有决胜之奇；或以武能威人，吴汉有绥边之略。功论树下，冯异之绩弥彰；冰结河中，王霸之诚尤着。
苏辙：禹本计不失，而帝不能用，禹亦迫于君命，不能自固耳。
何去非：昔日汉武帝被命更始，安集河北，始于邓禹于徒步之中。恃之以为萧何者，以其言足以就大计，其智足以定大业，且非群臣之等夷也。遂以西方之事委之，而禹亦能胜所属任，所向就功。赤眉之入长安，诸将豪杰皆欲击之。禹以其乘新胜之强，财富锋锐，然盗贼群臣，无他远计，必生变故。而吾众虽多，战胜者少，又乏资馈，难与力争而可以计破也。且将休兵北道，以观其弊。于是别军北趋栒邑，以就粮养士，盖将有以骄而怠之，然后取之也。此禹之计得矣，光武极欲天下之集，而缓其为计与功也，遂迫以进讨。禹无以专制，乃以其兵去栒邑，击赤眉果不能守，西守扶风。禹虽得入关中，然卒饥干敝，无足以制贼者，是以赤眉复还入之。禹无以抗，乃不胜其忿悁，而数以惫兵徼战，至于屡北，仅以身免，声威功烈一朝沮丧。此知所以骄而怠人之术矣，惜其为气与度者不足以持守之，是以一愤而不能复举也。
《十七史百将传》：“孙子曰：‘杂于利而务可伸。’禹因贼不出而更得理兵。又曰：‘修道而保法。’禹师行有纪而降者日众。又曰：‘军有所不击。’禹不攻长安以避其锐是也。”
陈亮：起身徒步，仗策军门，一见光武，遂论霸王大略，陈天下之计，此其胸中有过人者矣。连兵西讨，所当者破，既定河北，复平关中，威声响震，敌人破胆。
徐钧：久从游学识英雄，杖策南来见略同。首建雄谋恢汉业，云台端合议元功。
陈元靓：赤伏兴王，南阳受命。于时仲华，以贤佐圣。内参鼎铉，外执戎柄。建武功臣，于斯为盛。
朱元璋：太公韬略，当宏一统之规。邓禹功名，特立诸侯之上。
叶居升：世间奇才，罕有如颜回、耿弇、邓禹者，固未可拘于常法。
归有光：光武承王莽之乱，奋迹南阳，恢复旧物，则有邓禹、吴汉、贾复、寇恂、马援、冯异、岑彭、来歙之徒宣其力。
王夫之：赤眉之弃长安、西走安定，非邓禹之力能驱之也，食尽而旁掠，固不以安定为终焉之计，而必返乎长安。邓禹不乘其有可溃之势，蹑其后以蹙之，而入长安晏坐以待其归，河决癕溃，容可御乎？于是退之云阳，士气已馁，而还攻之于坚城之下，其败宜矣。故善用兵者，知时而已。赤眉食尽，引兵东归，时毕乎昔，则唯扼之于险而可制其死命。禹乃违光武之令，就关内而与争，何昔之怯而今之忿也！
屈大均：汉唐以来善兵者率多书生，若张良、赵充国、邓禹、马援、诸葛孔明、周瑜、鲁肃、杜预、李靖、虞允文之流，莫不沉酣六经，翩翩文雅，其出奇制胜如风雨之飘忽，如鬼神之变怪。
李景星：光武之有邓禹，犹高帝之有张良也；其有寇恂，犹高帝之有萧何也。大业之成，于二人深有赖焉。……至于野战之事，非禹所长，虽有败衄，不足为累。
公元60年（永平三年），汉明帝命人绘二十八功臣像，挂于南宫云台，其中邓禹名列第一。
公元782年（唐建中三年），礼仪使颜真卿向唐德宗建议，追封古代名将六十四人，并为他们设庙享奠，当中就包括“后汉太傅高密侯邓禹”。
公元1123年（北宋宣和五年），宋室依照唐代惯例，为古代名将设庙，七十二位名将中亦包括邓禹。
北宋年间成书的《十七史百将传》中，邓禹位列其中。
公元1388年（明洪武二十一年），明太祖取古今功臣三十七人配享历代帝王庙，其中后汉时期的大臣只有邓禹、冯异。
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