27年（建武三年），刘秀遣使者拜寇恂为汝南太守，又命骠骑将军杜茂率兵助寇恂讨伐盗贼。寇恂向来好学，于是修建乡校，教学生徒弟，聘请能讲授《左氏春秋》的人，他自己也亲自听老师讲学。
31年（建武七年），寇恂接替朱浮担任执事吾。32年（建武八年），寇恂随刘秀征讨隗嚣。此时，颍川盗贼群起，刘秀引军退还，对寇恂说：“颍川迫近京师，应早日平定。想起来只有你能平定群贼。”寇恂回答说：“颍川剽悍轻捷，听说陛下远征陇、蜀，所以狂悖狡猾之徒乘机作乱罢了。如果听说陛下南向，盗贼们必定惶惧归降。我愿率精锐以为前驱。”
寇恂随刘秀南还颍川，盗贼全部归降，刘秀却没有任命他为郡守。百姓纷纷要求寇恂留下，刘秀于是把寇恂留在长社，镇抚官吏人民，接受其余的归降者。
隗嚣部将高峻拥兵万人，占据高平第一城（今宁夏固原），刘秀派遣待诏马援前去招降，由此打开了河西通道。中郎将来歙承制拜高峻为通路将军，封关内侯，隶属大司马吴汉，共围隗嚣于冀县（今甘肃甘谷）。汉军退兵后，高峻逃回敌营，再助隗嚣拒守陇山。隗嚣死后，高峻占据高平县，坚守城池。建威大将军耿弇率太中大夫窦士、武威太守梁统等围困高平，一年也未能攻下。
34年（建武十年），刘秀入关，准备亲自征讨高峻。寇恂当时跟随在刘秀身边，劝谏说：“长安处在洛阳高平之间，应接方便，安定、陇西必定感到震动畏惧，这是从容坐镇于一处可以制服四方啊。现在兵马疲倦，刚刚从险阻中走出来，这不是陛下安国之良策，前年颍川发生的叛乱，可为至戒。”刘秀没有听从，并进军汧县，还是攻不下高平。刘秀欲派遣使者去说降高峻，就对寇恂说：“你以前制止我这次行动，现在为我走一趟。如高峻不立即投降，我将率耿弇等五营发起攻击。”
寇恂带着玺书来到第一城，高峻派遣军师皇甫文前来谒见。皇甫文礼貌不周，出言不逊。寇恂大怒，欲斩皇甫文。诸将劝谏说：“高峻精兵万人，连年难以攻下。现在要他投降反而杀其来使，只怕是不行吧？”寇恂不答应，就杀了皇甫文，让其副使回去告诉高峻说：“军师无礼，已被杀了。要投降，请赶快；不想投降，就固守好了。”
高峻惶恐，即日开城门投降。诸将都来庆贺，并问高峻投降的原因。寇恂说：“皇甫文是高峻的心腹，高峻的计谋都取之于他。现在他辞礼不屈，说明他根本不打算投降。杀掉皇甫文，高峻就吓破了胆，所以来投降了。”诸将都表示叹服，于是逮捕高峻回到洛阳。
36年（建武十二年），寇恂病故，谥号威侯。
光武帝南征，寇恂跟随，直至颍川。盗贼见寇恂到来，全部投降，根本不用任寇恂为太守。光武帝所经之处，百姓们纷纷遮道请求，说：“愿从陛下复借寇君一年”。光武帝只好命寇恂暂驻长社县，镇抚吏民，收纳余降。
寇恂治理颍川有政绩，离任后随帝再至至颍川，百姓请求再借寇恂留任一年。后就用“借寇恂、借寇”表示挽留地方官，含有对政绩的称美之意
寇恂在东汉时期，相当于类似萧何的“相国”地位，是位颇有领导才能的名吏，善于治理政务，很受刘秀的器重。在他任颖川太守时，为严明军纪，曾将大将贾复手下的一个部将处死。而屡立军功的贾复，知道以后，极为震怒，认为寇恂故意与他为难，愤怒表示：要与寇恂势不两立。
为了避免冲突，寇恂决定不与贾复见面。并且对贾复的部下，格外优待。处处忍让服低，不使矛盾激化。为了求得和解，煞费苦心。这时，刘秀忙于重建汉室，统一中国，正需要这两位将相共同协力，成就帝业。为此，他亲自出面，设宴调解。对贾复晓以大义，要他以大局为重。说：“天下未定，两虎安得私斗？”贾复经过刘秀的劝说，终于回心转意，不再耿耿于怀。最后，两人握手言和，同心同德，共扶汉室。
《后汉书》将寇恂与邓禹同列一传，并评价道：
恂经明行修，名重朝廷，所得秩奉，厚施朋友、故人及从吏士。时人归其长者，以为有宰相器。
论曰：传称“喜怒以类者鲜矣”。夫喜而不避，怒而思难者，岂唯君子乎！子曰：“伯夷、叔齐，不念旧恶，怨是用希。”于寇公而见之矣。
赞曰：子翼守温，萧公是埒，系兵转食，以集鸿烈。诛文屈贾。有刚有折。
历代评价
邓禹：“寇恂文武备足，有牧民御众之才。河内富实，南迫雒阳，非寇恂莫可使也。”
曹操：“昔寇恂立名于汝、颍，耿弇建策于青、兖，古今一也。”
应詹：“昔高祖使萧何镇关中，光武令寇恂守河内，魏武委钟繇以西事，故能使八表夷荡，区内辑宁。”
萧衍：“昔萧何镇关中，汉祖得成山东之业；寇恂守河内，光武建河北之基。”
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