李霸天回到了原宇宙，发现原宇宙才过去了1年半。他在《星际穿越》的世界里面缺过去了15年。他这是第一次这样。以前穿越其他时空，时间并没有扭曲。他绝对和罗柔柔一起魂穿《黑客帝国》，于是故事开始了：
李霸天和罗柔柔是一对恩爱的夫妻，他们都是优秀的黑客，喜欢探索网络世界的奥秘。他们经常接受各种黑客任务，挑战各种高难度的系统。他们也有着自己的黑客代号，李霸天叫做必应（Bing），罗柔柔叫做小狐狸（Fox）。
有一天，他们接到了一个神秘的任务，要求他们入侵一个叫做“矩阵”的系统，并且找到一个叫做“先知”的人。任务的发起者是一个叫做“墨菲斯”的黑客，他声称“矩阵”是一个控制人类思想的虚拟世界，而“先知”是一个可以预知未来的人。墨菲斯说，他正在寻找一位传说中的“救世主”，他相信必应和小狐狸就是他要找的人。
必应和小狐狸对这个任务感到好奇和兴奋，他们决定接受挑战，并且跟随墨菲斯的指引，进入了“矩阵”。他们发现，“矩阵”是一个模拟了1999年的人类社会的虚拟世界，而他们在这个世界中有着不同的身份和外貌。必应变成了一个叫做托马斯·安德森（Thomas A. Anderson）的电脑工程师，小狐狸变成了一个叫做崔妮蒂（Trinity）的黑客。
他们在“矩阵”中遇到了墨菲斯和他的团队，他们告诉必应和小狐狸，真实的世界已经被机器人所占领和统治，人类被当作能量来源而被囚禁在一种液体中。为了让人类不知道真相，机器人创造了“矩阵”这个虚拟程序，并且通过植入人类脑后的连接器，让人类感觉到虚拟世界中的一切都是真实的。墨菲斯说，他们是从“矩阵”中觉醒并解放出来的一群人，他们相信有一个能够摧毁“矩阵”并拯救人类的“救世主”，而必应和小狐狸就是这个“救世主”的转世。
必应和小狐狸对这个惊人的真相感到震惊和不可思议，他们难以接受自己过去所认识的世界都是假的。墨菲斯说，只要他们相信自己，并且看穿“矩阵”的本质，就可以在虚拟世界中改变物理定律，并且对抗机器人派出来追捕他们的特务。特务是一种可以随意变换身份和外貌，并且拥有超强战斗能力和扭曲现实能力的程序。特务中最强大也最残忍的一个叫做史密斯（Agent Smith），他对必应和小狐狸有着强烈的敌意和仇恨。
必应和小狐狸在墨菲斯的指导下，开始了他们的训练和冒险。他们通过连接器进入和退出“矩阵”，并且在真实世界中乘坐一艘叫做“复仇号”的飞船，躲避机器人的追杀。他们在“矩阵”中拜访了“先知”，她是一个看似普通的老妇人，但是却能够预知未来的发展。她告诉必应和小狐狸，他们必须面对自己的选择和命运，才能成为真正的“救世主”。
在一次行动中，必应和小狐狸被史密斯和其他特务围攻，墨菲斯为了保护他们而被俘虏。必应和小狐狸回到真实世界后，发现墨菲斯仍然和“矩阵”连线着，而特务正试图用各种手段逼迫墨菲斯泄露他们所在的地点。必应和小狐狸决定再次进入“矩阵”，救出墨菲斯。他们成功地打败了特务，并且带着墨菲斯返回了真实世界。
在返回的过程中，必应被史密斯射杀，昏迷不醒。小狐狸紧紧地抱着必应，并且深情地吻了他。她说，她爱他，并且相信他就是“救世主”。在真实世界中的感情触动了必应，他奇迹般地苏醒了，并且重新进入了“矩阵”。这时候，必应已经完全相信自己是“救世主”，并且能够看到“矩阵”的代码。他用自己的能力入侵了史密斯的程序，并且将其摧毁。其他的特务见到这一幕，都惊恐地逃走了。必应最后也安全地回到了真实世界。
在故事的结尾，必应在“矩阵”中用电话亭给机器人打电话，告诉它们他将要解放所有被囚禁的人类，并且摧毁“矩阵”。然后，他飞向天空，展现出他无与伦比的力量。故事在《黑客帝国2：重装上阵》中继续发展。
故事2：
必应和小狐狸在救出墨菲斯后，成为了人类反抗军的英雄。他们继续在真实世界和“矩阵”中与机器人作战，试图找到一个能够彻底摧毁“矩阵”的方法。他们也发现，史密斯并没有被必应完全消灭，而是变成了一个能够自我复制和感染其他程序的病毒，他的目标是控制整个“矩阵”，甚至是机器人的世界。
必应和小狐狸再次拜访了“先知”，她告诉他们，要想结束这场战争，必应必须去找到一个叫做“建筑师”的人，他是“矩阵”的创造者和管理者。她说，必应不是第一个“救世主”，而是第六个。在他之前，还有五个“救世主”都曾经到达过“建筑师”的面前，但是他们都没有能够摧毁“矩阵”，而是选择了重启“矩阵”，并且挑选一部分人类重新开始新的一轮循环。她说，必应必须做出一个不同的选择，才能改变人类和机器人的命运。
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